Nils Holgersson est un garnement qui n'aime que bâfrer, roupiller et tourmenter les animaux de la ferme de ses parents. Pour avoir taquiné un farfadet, il est transformé lui-même en lutin, et il s'envole sur le dos de Martin, le jars domestique.

Nils connaîtra la peur, la faim, la honte, mais surtout, il apprendra à regarder autrement la vie qui l'entoure.