Yves Boisset collabore à un certain nombre de revues spécialisées (Cinéma, Midi Minuit Fantastique), ainsi qu'à l'hebdomadaire Les Lettres françaises, et travaille avec Jean-Pierre Coursodon et Bertrand Tavernier à la première édition (1960) de " Vingt Ans de Cinéma Américain ".

Dans les années 1970, il incarne un cinéma de gauche, s'inspirant souvent d'évènements réels : la police (Un condé), l'affaire Ben Barka (L'Attentat), le racisme (Dupont Lajoie) pour lequel il demandera une coécriture du scénario avec Jean-Pierre Bastid et Michel Martens, l'intrusion de la politique dans le judiciaire (Le Juge Fayard dit Le Shériff).
Il est également le premier à aborder la guerre d'Algérie (R.A.S.).
Il adapte ou coadapte par ailleurs plusieurs auteurs reconnus : Michel Déon et son taxi mauve, Marie Cardinal avec André Weinfeld pour La Clé sur la porte, Jean-Patrick Manchette avec Folle à tuer, Philippe Djian et Bleu comme l'enfer.

À partir du milieu des années 1980, il se consacre quasiment exclusivement à la télévision (son dernier long métrage de cinéma en date est La Tribu en 1990), avec des réalisations historiques : L'Affaire Seznec, L'Affaire Dreyfus, Le pantalon (affaire Lucien Bersot, fusillé pour l'exemple), Jean Moulin, L'Affaire Salengro. Ayant enquêté sur les massacres de membres de l'Ordre du Temple solaire pour son film Les Mystères sanglants de l'OTS, il a été entendu comme témoin de la défense lors du procès du chef d'orchestre franco-suisse Michel Tabachnik1.

En 2011, il publie son autobiographie La Vie est un choix (Plon). Invité par Radio-Courtoisie le 1er décembre à commenter son ouvrage, il revient sur l'ensemble de sa carrière et raconte à cette occasion comment France-Télévision l'aurait empêché de mettre certaines images d'archives datant de la Seconde Guerre mondiale dans son 12 balles dans la peau pour Pierre Laval.