Souffrant de cette absence, Jonathan se réfugie dans la lecture du journal de bord que son père lui a laissé avant de reprendre la mer. Avec les enfants du quartier, et sous le regard complice de sa mère, il rejoue, à sa manière, les aventures paternelles...
Petits hommes de Lilliput, géants de Bromdingnag, mathématiciens de l'île volante de Laputa et magnifique royaume de chevaux de Houyhnms prennent alors vie à travers le prisme passionné de l'enfance.