Originaire du Sud-Ouest, Frédéric Blanc improvisait déjà tout jeune au piano et à l'orgue, découvrant seul la musique. Après ses études aux Conservatoires de Toulouse et de Bordeaux, il se perfectionna notamment auprès d'André Fleury, Marie-Claire Alain et Marie-Madeleine Duruflé dont il est le fidèle disciple.

Lauréat de plusieurs concours internationaux (Concours international "Grand Prix de Chartres" (2e prix) en 1996, Grand prix du Concours international de la Ville de Paris en 1997), il mène une carrière de concertiste international : récitals en soliste ou avec orchestre, accompagnateur.

Depuis 1999, Frédéric Blanc est organiste-titulaire du Grand Orgue Cavaillé-Coll à l'église de Notre-Dame d'Auteuil à Paris. Il est également directeur musical de l'association Maurice et Marie-Madeleine Duruflé.